La Cour constate également de fortes disparités régionales. Ainsi, les aires sont beaucoup plus nombreuses dans l’Ouest (excepté en Aquitaine) et dans le Centre qui concentrent les trois quarts des aires construites. Bonne élève, la Basse-Normandie a presque atteint ses objectifs avec un taux de 93% alors, qu’à l’inverse, l’Ile-de-France, la Picardie, le Languedoc-Roussillon et la région Paca affichent des taux particulièrement bas. « Des obstacles multiples » ont freiné la réalisation de ces aires d’accueil, souligne le rapport, évoquant « l'imprécision initiale des schémas départementaux », la « réticence forte » des riverains, les coûts prévisionnels « largement dépassés », notamment en raison de « travaux de raccordements onéreux » liés aux « décisions des collectivités territoriales d'éloigner les aires des zones habitées », « l'absence de volonté des collectivités sur certains territoires », ou encore « l'arrêt des subventions versées par l'Etat ».
La Cour des comptes se penche aussi sur la gestion de ces aires d’accueil. Et là aussi, le constat est sévère. « La faible attention portée, tant par l’Etat que par les collectivités territoriales, à l’aménagement et à la gestion des aires ne garantit pas une utilisation efficiente des fonds publics », note la Cour. Elle constate également que ce faible intérêt des pouvoirs publics a conduit « à des modalités de gestion fortement hétérogènes d’un territoire à l’autre », voire à certaines dérives. Le rapport pointe ainsi que « bien que le marché de la gestion privée des aires d’accueil se soit très fortement développé à partir de 2006 et que la concurrence y soit devenue plus vive, l’Etat et les collectivités n’ont pas cherché à organiser ce secteur d’activité ou a minima à s’informer sur les conditions dans lesquelles il se développait, alors même qu’il est essentiellement financé sur des fonds publics ». Il en résulte souvent, souligne le rapport, un recours inapproprié à la délégation de service public mais également un risque de voir certains opérateurs dégager des bénéfices que partiellement justifiés.
La loi du 5 juillet 2000 prévoyait aussi un accompagnement social pour les gens du voyage, qui est « inégalement mis en œuvre », selon la Cour tout comme le dispositif visant à favoriser la scolarisation des enfants qui n'est « pas à la hauteur des enjeux, face à la non-scolarisation préoccupante d'une partie de ce public ».
Au rang de ses recommandations (33 au total), la Cour propose de rétablir le subventionnement des aires restant à construire, à condition toutefois de prévoir une pénalisation financière pour les collectivités défaillantes. Elle recommande aussi « d’encadrer et de suivre au niveau national le marché de la gestion déléguée et d’encadrer les modalités de gestion » afin d’éviter les pratiques abusives. La Cour propose, par ailleurs, d’élaborer pour chaque aire d’accueil un projet social, tel que prévu par la loi de juillet 2000 et d’établir au niveau déconcentré un programme annuel d’actions en faveur de la scolarisation des enfants du voyage.

