Maire-info
Le quotidien d’information des élus locaux
Édition du lundi 28 septembre 2026
Fonction publique territoriale

Congés non pris dans la fonction publique territoriale : le gouvernement corrige le tir

Cet été, le gouvernement a publié un décret permettant de corriger les dispositions concernant le report des congés non pris dans la fonction publique territoriale. Le Conseil d'État avait, en effet, annulé certaines de ces dispositions. Explications.

Par Franck Lemarc

Suite et fin de la recension des textes réglementaires parus durant le mois d’août : Maire info revient aujourd’hui sur un décret publié au Journal officiel le 12 août dernier, « relatif à l'information du fonctionnaire sur les modalités de report de jours de congé annuel non pris » , décret qui a des incidences importantes et que doivent connaître les employeurs territoriaux.

Le décret de 2025

Pour comprendre l’objet de ce décret, il faut revenir en arrière. En juin 2025, le gouvernement prenait un décret pour – enfin – se mettre en conformité avec une directive européenne de… 2003, concernant les congés non pris dans la fonction publique. Cette directive impose qu’un salarié qui est malade pendant ses congés a le droit de récupérer ceux-ci ultérieurement. Le décret de juin 2025 dispose donc que, dans la fonction publique, si un agent ne peut exercer son droit à congés payés « pour raison de santé, accident de service ou de travail, maladie professionnelle ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales »  (maternité, paternité, congé proche aidant, etc.), il peut désormais bénéficier d’un report de ces congés « sur une période de 15 mois » . Ce report est limité à quatre semaines maximum pour un arrêt maladie. 

Si un agent, poursuit le décret, n’a pas pu exercer ce droit à report, il doit bénéficier, au moment où il quitte la fonction publique, d’une « indemnité compensatrice », fixée à une centaine d’euros par jour pour un salaire moyen. 

Annulation par le Conseil d’État

Mais tout juste un an plus tard, le 16 juin 2026, le Conseil d’État a rendu un avis qui a tout simplement annulé les dispositions prévues par le décret de 2025 dans la fonction publique territoriale (lire Maire info du 23 juin 2026). 

Tout d’abord, le Conseil d’État relève que le décret ne précise pas que l’extinction des droits à récupération des congés non pris, au bout de 15 mois, doit être notifiée aux agents : la haute juridiction écrit clairement que les agents doivent obligatoirement être informés du nombre de jours de congés non pris qu’ils peuvent récupérer et jusqu’à quand. 

Autre problème soulevé par le Conseil d’État : le décret ne mentionne pas les « nécessités de service »  comme empêchement donnant droit à un report de congés. Tel que le décret était rédigé, un agent qui se voit refuser des congés pour nécessités de service et ne peut pas prendre tous ses congés dans l’année n’avait pas la possibilité de les reporter l’année suivante. 

Nouveau décret rectificatif

Le gouvernement a donc relativement rapidement rectifié le tir, en publiant un nouveau décret daté du 11 août 2026. Il y intègre les modifications demandées par le Conseil d’État.

D’abord en intégrant les « nécessités de services ». La règle est désormais la suivante : « Lorsque le fonctionnaire est dans l'impossibilité, du fait d'un congé pour raison de santé, du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales ou pour des raisons tirées de l'intérêt du service, de prendre son congé annuel au cours de l'année au titre de laquelle il lui est dû, il bénéficie d'une période de report de quinze mois, dont la durée peut être prolongée sur autorisation exceptionnelle de l'autorité territoriale. » 

Le décret modifie également les règles en matière d’information des agents, conformément aux exigences du Conseil d’État : au moment de sa reprise de fonctions, le fonctionnaire « est informé : 1) du nombre de jours de congés annuels reportés ; 2) de la date jusqu'à laquelle ces jours de congé peuvent être pris. » 

Cette information est délivrée dans le mois suivant la reprise de fonctions lorsque l’agent a été en congé maladie ou en congé pour responsabilités parentales ou familiales. Et avant le 31 janvier de l’année suivante lorsqu’il s’agit d’un empêchement lié à des raisons de service. 

Enfin, le décret précise noir sur blanc que le fonctionnaire doit obligatoirement être informé du nombre de jours de congés non pris donnant droit à une indemnisation en fin de carrière. 

Ce sont donc ces règles qui sont désormais en vigueur et qui doivent absolument, en conséquence, être connues des employeurs territoriaux. 

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